在光纤激光切割机运行过程中应严格按照说明书进行操作，使用光纤切割机在进行加工时应按操作规程和工艺规定。不准超规、超负荷、超重量使用切割机。不许在机器运行过程中进行维护保养或做清洁工作。加工过程中工作人员不可离开操作台，要时刻注意机器的工作状态，注意机床传动部位的音响、润滑情况、温升情况。如果发现异常现象,需要立即停机检查处理，或者向有关人员报告。
光纤激光切割机在运行过程中发生故障时，需要先按暂停键，使机床停止工作状态，然后将主轴起升，抬起激光头，使喷嘴割矩与管材表面有一定距离，以避免激光头与管材发生碰撞，从而导致喷嘴被损坏。操作人员先通过控制面板进行故障排除，如不能排除故障，立即按下紧急停机按钮，对设备进行进一步检查以排除故障。
在进行光纤激光切割机的重新调整程序程序及维护检修后，必须先经过空载试运行，确认机器没有其他问题，再重新进行管材加工。确定机器可以继续工作时，需要解除警报后再进行切割作业。