光纤激光切割机的导轨和齿条是控制机器运行时运动轨迹的重要部分，长时间的杂质堆积会造成磨损，影响其寿命和精度，所以一定要定期进行清洁。切割机防尘罩下的导轨和齿条要定期用干净抹布对其进行清扫。凹槽处的导轨和齿条可以选择先用气把灰尘吹走，然后再用抹布擦拭。
光纤激光切割机的激光头的镜片变脏会影响激光光束，清洁镜片时要使用光学级别的溶剂润湿的擦拭纸，以防止被其他污染物破坏。为了减少对镜片摩擦所造成的损坏，擦拭纸可选择纯棉的擦拭纸或者棉球，镜头纸或棉签等。激光切割头的镜片要在没风的情况下进行拆卸。清洁完毕后立刻封住镜片，防止粉尘进入，影响切割精度。
要定期对光纤激光切割机的冷水机进行内部除尘。由于冷水机风叶是突出在外的，所以很容易积聚厚厚的灰尘。冷水机除去防尘罩后，用气从下往上吹进行清洗。冷水机过滤芯每三个月内要更换一次，水箱内的水只要变浑浊就要更换纯净水。